El instituto de investigación INDES-CES incorpora dentro de sus servicios especializados la de gestión ambiental, evaluación de zonas de vulnerabilidad ambiental en zonas agroecológicas con énfasis en la zona de ceja de selva, la biodiversidad y el uso óptimo, análisis de la erosión genética y líneas base de especies en riesgo; dentro de las zonas urbanas tiene aptitudes en la organización, identificación y formulación de propuestas en tratamiento de residuos sólidos, educación ambiental y gestión de los recursos para su reciclamiento orgánico con complementación de fortalecimiento institucional.